故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
内详
天地分为上古大荒与现世人间两界，由太极壁垒相隔，域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力；天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神，各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命，却因两界崩塌意外坠落现世人间，记忆散落、身份隐于市井；反派夜幕组织膜拜异境暗力，妄图搜罗上古符文与十二玉佩，撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地，还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机；十二神兽在现世陆续觉醒，一边集结同伴、寻找远古符文下落，一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙，他们心怀守护苍生之志，平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则，最终舍弃重返破败大荒的执念，集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒，留守现世人间，世代镇守天地平衡，成为守护人间安稳的十二秩序者。
地球附近的一个异空间中有一个酷宝王国，酷宝以人类情绪波动时散发的情感核能为食物。情感核能分两种，开心、欢乐时产生的情感核被称为七彩元动能，相反悲伤、痛苦产生的是黑色邪动能。女魔头阿酷波斯，率领叛军企图推翻酷宝国王的统治，并通过时光机逃到了20年前的人类世界，企图影响未来人类世界的快乐领袖——司徒乐的成长，让他容易产生邪恶的念头和情感，为阿酷波斯提供庞大的黑色邪动能，征服酷宝王国。酷宝国王得知阿酷波斯的计划，便派小宝前往过去的人类世界保护幼年的司徒乐。
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